หลักสูตร/ปี พ.ศ. วิศวกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ ปี พ.ศ. 2568
ภาคและปีการศึกษาที่สำเร็จการศึกษา ภาคปลาย ปีการศึกษา 2567
ประเภทโครงงาน
โครงงานวิศวกรรม
ชื่อโครงงานภาษาไทย
การพัฒนาขั้นตอนวิธีเพื่อเร่งความเร็วการวิเคราะห์ไมโครไบโอมพืชจากข้อมูลจีโนม
ชื่อโครงงานภาษาอังกฤษ
The development of algorithms to accelerate the analysis of plant microbiome from genomic data
ผู้พัฒนา
6410504195 พีรศุ พุทธกูล
อาจารย์ที่ปรึกษาหลัก
สุภาพร เอื้อจงมานี
อาจารย์ที่ปรึกษาร่วม
-
บทคัดย่อ
หนึ่งในขั้นตอนสำคัญในการวิเคราะห์ไมโครไบโอมพืชจากข้อมูลจีโนม คือการทำ Sequence Alignment ซึ่งอัลกอริทึมที่ใช้อย่างแพร่หลายสำหรับการทำ Sequence Alignment คืออัลกอริทึม Burrows-Wheeler Alignment ทว่าอัลกอริทึมดังกล่าวใช้เวลาในการประมวลผลนาน โครงงานนี้จึงจะทำการปรับปรุงอัลกอริทึมดังกล่าวให้ประมวลผลได้เร็วมากขึ้น โดยการประยุกต์ใช้หลักการ MapReduce ในการปรับปรุงอัลกอริทึม Burrows-Wheeler Alignment ให้สามารถประมวลผลแบบขนานได้มากขึ้น และลดเวลาที่ใช้ลง โดยอัลกอริทึมจะต้องสามารถทำงานบนระบบคอมพิวเตอร์สมรรถนะสูง SciKU Biodata Server ของคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้ นอกจากนี้โครงงานยังทำการปรับปรุงกระบวนการวิเคราะห์ไมโครไบโอมพืชจากข้อมูลจีโนม ซึ่งประกอบด้วยขั้นตอนวิเคราะห์ที่ซับซ้อนหลายขั้นตอน ให้สะดวกต่อผู้ใช้งานมากขึ้น ทั้งในแง่ของการวิเคราะห์ผลการวิเคราะห์จากขั้นตอนต่างๆและสามารถใช้กระบวนการดังกล่าวในหลายชุดข้อมูลพร้อมกันได้
Abstract
A key process in analyzing plant microbiomes from genomic data is sequence alignment, often performed using the Burrows-Wheeler Alignment (BWA) algorithm. However, BWA can be time-consuming. This project speeds up BWA by integrating MapReduce, increasing parallel processing capability and reducing computation time. It also ensures the algorithm is compatible with the SciKU Biodata Server at Kasetsart University for high-performance computing. In addition to accelerating BWA, this project enhances the multi-step plant microbiome analysis workflow, enabling researchers to more easily interpret results and process multiple datasets concurrently. Overall, it makes plant microbiome analysis both faster and more user-friendly.
คำสำคัญ (Keywords)
อัลกอริทึม
การคำนวณแบบขนาน
แมปรีดิวซ์
ชีวสารสนเทศ
การเปรียบเทียบความเหมือนของกลุ่มสายดีเอ็นเอ
เบอร์โรวส์-วีลเลอร์
Algorithm
Parallel Computing
MapReduce
Bioinformatics
Sequence Alignment
Burrows-Wheeler
เว็บไซต์โครงงาน
-
วีดีโอคลิปของโครงงาน
-
ที่เก็บเวอร์ชันซอร์สโค้ด
https://github.com/Peerasu/MPI-based-Parallel-Sequence-Alignment-Algorithm
ผู้นำเข้าข้อมูลครั้งแรก
พีรศุ
พุทธกูล
(b6410504195)
แก้ไขครั้งสุดท้าย
เมื่อ April 8, 2025, 8:37 p.m. โดย
พีรศุ
พุทธกูล
(b6410504195)
สถานะการอนุมัติ
รออนุมัติ