รายละเอียดโครงงาน
หลักสูตร/ปี พ.ศ. วิศวกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ ปี พ.ศ. 2561
ภาคและปีการศึกษาที่สำเร็จการศึกษา ภาคปลาย ปีการศึกษา 2560
ประเภทโครงงาน
โครงงานวิศวกรรม
ชื่อโครงงานภาษาไทย
ซอฟต์แวร์สำหรับการเปรียบเทียบลำดับพันธุกรรมขนาดใหญ่
ชื่อโครงงานภาษาอังกฤษ
Maize-runner : Software for comparing large genomic sequences
ผู้พัฒนา
5710503321 จิรเมธา สินสืบเชื้อ
อาจารย์ที่ปรึกษาหลัก
จิตร์ทัศน์ ฝักเจริญผล
อาจารย์ที่ปรึกษาร่วม
-
บทคัดย่อ
หนึ่งในปัญหาหลักของนักวิจัยในสาขาชีววิทยานั้นนั่นคือ การเผชิญหน้ากับการวิเคราะห์การวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิต เพื่อหาจุดกำเนิดหรือรากเหง้าของแต่ละสายพันธุ์ว่ามีที่มาจากไหน และสิ่งมีชีวิตที่มีลักษณะใกล้เคียงกันมีความคล้ายคลึงกันมากน้อยแค่ไหน เพื่อการจัดการหมวดหมู่สิ่งมีชีวิตให้อยู่ในกลุ่มย่อย ๆ
การจัดหมวดหมู่ที่เป็นที่นิยมนั่นคือ การจัดกลุ่มสิ่งมีชีวิตเป็น 5 อาณาจักร (kingdom) ของนักนิเวศน์วิทยา Robert H. Whittaker ได้แก่ มอเนอรา (สิ่งมีชีวิตเซลล์เดียว), โปรติสตา (สิ่งมีชีวิตชนิดมีเยื่อหุ้มเซลล์), ฟังไจ (เห็ด รา ยีสต์ และผู้ย่อยสลายอินทรียสารที่ไม่มีรงควัตถุเพื่อใช้ในการสังเคราะห์ด้วยแสง), พืช และสัตว์ ถึงแม้ว่าในภายหลังนั้น การจัดกลุ่มของสิ่งมีชีวิตจะมีการเปลี่ยนแปลงไปเป็นการแบ่ง 8 อาณาจักร ยูแบคทีเรีย (แบคทีเรียแกรมบวกที่มีผนังเซลล์), อาร์เคียแบคทีเรีย (สิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวที่ไม่มีเยื่อหุ้มเซลล์ และไม่มีนิวเคลียส มีวิวัฒนาการแยกออกมาจากแบคทีเรีย มักอยู่ในสภาพแวดล้อมที่เลวร้าย เช่น บริเวณเค็มจัด นาเกลือ บริเวณอากาศร้อนจัด ทะเลทราย หรือบริเวณที่อยู่ในสภาพไร้ออกซิเจน เช่น ในน้ำลึก ในโคลน มักจะสร้างก๊าซมีเทน), อาร์ชีซัว, โปรโตซัว, โครมิสตา (สาหร่ายทุกประเภทที่มีคลอโรฟิลล์ชนิด A และ C ในคลอโรพลาสต์ซึ่งไม่จำเป็นว่าจะมีสี เช่น สาหร่ายสีน้ำตาล ไดอะตอม ราน้ำ), ฟังไจ, พืช และสัตว์ แต่นักวิทยาศาสตร์ก็ยังคงค้นพบสิ่งมีชีวิตใหม่ ๆ อยู่เสมอ และนำสิ่งมีชีวิตเหล่านั้นมาจัดจำแนกให้อยู่ในกลุ่มต่าง ๆ โดยอิงตามความใกล้เคียงกันของรหัสพันธุกรรมของสิ่งมีชีวิต
จากปัญหาที่ได้กล่าวมาในข้างต้นนั้น จึงได้นำมาสู่ระบบสำหรับการจัดการและวิเคราะห์เปรียบเทียบลำดับพันธุกรรมขนาดใหญ่ เพื่อเป็นเครื่องมือหนึ่งในการจัดการกับลำดับพันธุกรรมนี้ และเป็นการลดความยุ่งยากในการจำแนกลำดับพันธุกรรมในรูปแบบเดิมโดยรวมทั้งหมดออกมารูปแบบในการแสดงผล (visualize) ที่เข้าใจง่ายรวมถึงสามารถนำผลการวิเคราะห์ไปประยุกต์ใช้งานต่อได้ในลำดับถัดไป
Abstract
One of the biologists' problems is facing with analyzing organism evolutions for finding origin point or progenitor breeds and similarity from each organism to categorize organism into subclass.
The most popular categorized group came from ecologist name "Robert H. Whittaker". He had divided all morphisms to 5 kingdoms are Monera (unicellular organisms or as known as single-celled organisms), Protista (eukaryotic organisms that has nuclei in their cells but not animal, plant and fungus), Fungi (Mushrooms, molds yeasts and decomposers that don't have cytoplasm for photosynthesis), Plantae (Plants) and Animalia (Animal). Although many years later biologists have changed organism classifications to 8 kingdoms are Eubacteria, Archaebacteria, Archezoa, Protozoa, Chromista, Fungi, Plantae and Animalia according from Thomas Cavalier-Smith's classification but biologists and scientist still discovered new organisms and classified them according genetic code classification.
Thus, we developed software for managing and analyzing large genomic sequences to reducing complicated categorizing and easy-visualize for adaptable analytics.
คำสำคัญ (Keywords)
sequences
genetics
biology
bioinformatics
genome
DNA
เว็บไซต์โครงงาน
-
วีดีโอคลิปของโครงงาน
ที่เก็บเวอร์ชันซอร์สโค้ด
https://github.com/MMaetha/maize_runner
สถานะการนำเข้าข้อมูล
ผู้นำเข้าข้อมูลครั้งแรก
จิรเมธา
สินสืบเชื้อ
(b5710503321)
แก้ไขครั้งสุดท้าย
เมื่อ May 23, 2018, 5:41 p.m. โดย
จิรเมธา
สินสืบเชื้อ
(b5710503321)
สถานะการอนุมัติ
อนุมัติแล้ว โดย
จิตร์ทัศน์
ฝักเจริญผล
(jtf)
เมื่อ May 30, 2018, 10:09 a.m.