หลักสูตร/ปี พ.ศ. วิศวกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ ปี พ.ศ. 2556
ภาคและปีการศึกษาที่สำเร็จการศึกษา ภาคปลาย ปีการศึกษา 2555
ประเภทโครงงาน
โครงงานวิศวกรรม
ชื่อโครงงานภาษาไทย
การสร้างแผนภาพต้นไม้วิวัฒนาการจากควอเท็ตที่มีข้อผิดพลาด
ชื่อโครงงานภาษาอังกฤษ
Reconstructing phylogenetic trees from noisy quartets
ผู้พัฒนา
5210500411 นายธานี ขำพิจิตร
อาจารย์ที่ปรึกษาหลัก
จิตร์ทัศน์ ฝักเจริญผล
อาจารย์ที่ปรึกษาร่วม
-
บทคัดย่อ
โครงงานนี้เป็นโครงงานที่พัฒนาเครื่องมือพื้นฐานสำหรับการสร้างต้นไม้วิวัฒนาการจากข้อมูลควอเท็ตและข้อมูลลำดับพันธุกรรม เครื่องมือที่ทำการพัฒนาประกอบด้วย ส่วนการคำนวณ Levenshtein distance ของข้อมูลลำดับ, ส่วนการสร้างต้นไม้จากอัลกอริทึม Neighbor-Joining , ส่วนการสร้างข้อมูลควอเท็ต จากข้อมูลลำดับ และการสร้างต้นไม้วิวัฒนาการจากข้อมูลควอเท็ต ด้วยอัลกอริทึม Q_RAND และ Q_VOTE ของ Wu, Kao, Lin, และ You
Wu และทีมงาน ยังได้เสนออัลกอริทึมที่ชื่อว่า M_VOTE ที่ประสิทธิภาพดีกว่า Q_RAND และ Q_VOTE
และวิเคราะห์ความน่าจะเป็นที่จะสำเร็จ ด้วยค่าพารามิเตอร์ k ซึ่งโครงงานนี้ได้พิสูจน์ค่าขอบเขต ของความน่าจะเป็นที่รูปแบบดูซับซ้อนน้อยลง และมีความสัมพันธ์โดยตรงกับค่า k
Abstract
This project develops basic tools for reconstructing phylogenetic trees from quartet data and sequence data. The tools developed include a Levenshtein distance calculation for sequences, a Neighbor-Joining based tree construction algorithm for sequence data, a tool that construct quartet data from sequence data, and implementations of quartet-based reconstruction algorithms Q_RAND and Q_VOTE of Wu, Kao, Lin, and You.
Wu et. al. also propose another reconstruction algorithm called M_VOTE that outperforms Q_RAND and Q_VOTE and analyze its success probability based on a parameter k. This project proves a simpler probability bound that shows direct dependency on k.
คำสำคัญ (Keywords)
Quartet
Phylogeny Reconstruction
Phylogenetic Tree
เว็บไซต์โครงงาน
-
วีดีโอคลิปของโครงงาน
-
ที่เก็บเวอร์ชันซอร์สโค้ด
-
ผู้นำเข้าข้อมูลครั้งแรก
นายธานี
ขำพิจิตร
(b521050041)
แก้ไขครั้งสุดท้าย
เมื่อ March 21, 2013, 5:49 p.m. โดย
นายธานี
ขำพิจิตร
(b521050041)
สถานะการอนุมัติ
อนุมัติแล้ว โดย
จิตร์ทัศน์
ฝักเจริญผล
(jtf)
เมื่อ March 22, 2013, 10:05 p.m.